國防部三軍總共有18處禁閉室，
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，但在陸軍542旅下士洪仲丘案前，
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，有收訓禁閉生的處所，
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，只有5個，
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，且三軍的戒護士，
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，都統一由陸軍來施訓。但因合格戒護士認證資格取得不易，
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，陸軍所辦講習課程少之又少，
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，不但海軍原由陸戰隊有南、北兩座禁閉，
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，早已關閉一座，也因沒有合格戒護士，鮮少收訓，海、空軍已將懲處回歸申誡、禁足、法辦與留優汰劣多時，只有陸軍仍頻地在實施禁閉處分。
洪仲丘除遭到錯誤引用法條移送禁閉室外，到禁閉室也沒有察覺，其身體BMI值（體重與身高比例）也超過送禁閉的標準，更甚的是，事發當日7月3日氣候炎熱，屬軍中掛紅旗的危險氣候，禁閉生卻仍在室外進行體能測驗，種種跡象都顯示，負責禁閉室生活管理的戒護士，缺乏專業訓練。
據透露，海軍雖設有禁閉室，但3年來早已是「放長假」的狀況，因為陸軍所負責的戒護士認證班稀少，鮮少開課，海軍無法送訓擁有合格的戒護士，所以無法收禁閉生，1年前因禁閉室設備簡陋，加以整修，也無法送訓。空軍則根本未設禁閉室，且因為若要送禁閉生到陸軍所轄禁閉室，陸軍要求空軍須自行派遣戒護士，空軍司令部索性不採取禁閉處分。
所以，海、空軍目前是將違規的士官兵，回歸陸海空軍懲罰法的禁足、申誡、罰勤甚至士兵有罰站中，志願役則配合留優汰劣，表現欠佳者就勒令退伍，更嚴重違法事件就直接送軍法。軍法單位一度抱怨海軍送了太多人軍法偵辦。
海軍官員證實上情，強調海軍雖在陸戰66旅與77旅設有禁閉室，課表會由司令部核定，不像此次事發的陸軍269旅禁閉室，課表竟由連級核定，但海軍鮮少使用禁閉處分，現在也已關閉其中一座，且戒護士認證難以取得，沒有專業的人員，不能在禁閉室服勤。，