「綠島一號」水下考古計畫主持人臧振華指出，
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，水下考古較陸上考古更為困難，
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，為配和風浪、潮汐與海流，
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，通常清晨5時開始工作；工作人員在水深超過30公尺的海域工作，
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，下水一次只能停留20分鐘，
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，就必須出水休息兩個小時，
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，加上海流強、風浪大，工作相當艱辛。
臧振華擁有40年考古經驗，近年來主持水下文化資產調查計畫，與中央研究院水下考古隊在澎湖與東沙海域，發現許多水中沉船等目標物；其中有四艘歷史沉船，已被文化部列為第一批水中遺址保護。
臧振華表示，水下考古難度高，海況變化多、工作時間短，目標物保存狀況受到各種條件影響，文獻背景的探究與檔案的收集，都要花很多時間。除需具備考古學的知識與能力，還須與海洋科技結合，包括海洋探測、海洋地質、海洋水文，及船舶工藝等方面的技術與知識。
他指出，沉船經過很長時間，已適應海底環境；船上物品出水後，經過劇烈保存環境的改變，在沒有適當維護的情況下，很容易受損；例如木頭原本在海裡可以良好保存，出水後反而容易快速乾裂而損壞。
為了進行綠島一號水下進階調查工作，專業團隊先在調查區域上進行定位，布置方格網系統，接著透過抽砂方式，有系統地逐步揭露被泥沙及珊瑚礁覆蓋的船隻殘骸。但海流強、風浪大，加上工作人員下海工作的時間非常有限，增加工作的困難度。
臧振華表示，根據「聯合國保護水下文化資產公約」，水下考古文物以就地保存為優先原則。
這次調查受限時間與經費，可能無法揭露綠島一號全貌，未來須持續調查，才能呈現這艘歷史沉船的內涵與文化價值。在保存條件許可情況下，或許可考慮開放水下沉船觀光，讓遊客到海底一探沉船的神秘面紗。，